委托代理机构办理知识产权申报一般包括下列流程：

专利检索或商标查询→签订代理合同→委托人进行技术交底并填写相关表格→代理人准备好相关的法律文件交委托人确认→向国家知识产权局或国家商标局递交申请→案件跟踪并回复审查意见直到案件完结→根据合同结案或继续进行案件的后续管理。